二月，大明内阁首辅申时行接到朝鲜战报，得知战况陷入僵局，遂找来吴兑、王锡爵及兵部尚书周咏、兵部侍郎蹇达商议。
蹇达本来是在伐元之战中接替得罪高务实的李松做蓟辽总督的，战后因功回部做了兵部侍郎——不过真正的原因当然不是如此简单。
事实上是高务实非常重视朝战，因此要统一辽东的指挥权，于是现在就变成了顾养谦一人身兼任督、抚二职，将辽东彻底掌握在实学派手中。这可以避免前线在朝鲜打仗，后方却出现各种扯皮导致补给不畅的麻烦。
此时申时行说道：“听闻大军初至朝鲜便收复四道，大获全胜，为何现今停驻不前？朝鲜也上奏大明，请求朝廷令宋应昌再度出击，皇上正等着我等回复，这不战之因是否真如宋应昌所言，兵部可有核实？”
周咏答道：“秉元辅，兵部时刻关注朝鲜战事，探查来往不断。此次事情起因是军中因上报军功所奏不实引起南北之争，军心动荡，再加上李如松部嫡系在碧蹄馆之战损失不小，也挫了声威，面对南军不满无力压制，目前宋应昌正在设法稳定。
元辅自然知道，若军心不齐，南北敌视，战必难胜。碧蹄馆战后倭军集结一线，军势大涨，防备严密，无机可趁。我军人数远不及倭军，贸然开战或将损失惨重、无功而返，因此只得暂行观望。”
王锡爵对于铁岭李氏背叛心学派一事耿耿于怀，此时便作处一番深忧军心的模样，语气沉重道：“正值大战，军心大乱不仅不利于战事，也将沦为藩国笑柄。依我看来，此必是北兵争功所致，而李如松出自辽东名门，军中大多为其家门亲信旧部，此次事件李如松难辞其咎，应严令宋应昌将那军功论赏据实上报，以此稳定军心。而对李如松本人，朝廷也当严饬，甚至追究责任。”
蹇达这位原蓟辽总督、新任兵部侍郎相对中立，闻言说道：“军中争功内斗为兵家大忌，所幸有宋应昌在，必能稳定军心，而后兵事谋划才有可为。兵部也将督促宋应昌尽快平复此事，以免倭寇察觉趁机来攻。眼下大军粮草每日消耗极多，岂能因内讧而被迫拖延战事？”
蹇达这番话故意没搭理“严饬李如松”的说法，吴兑在一边自然闻弦歌而知雅意，再加上他也反对拖延战事，于是一边盘算军需，一边道：“此前我曾听户部核算及前线回报，大军口粮每人每日便是一升五合，战马每匹每日需料豆三升，也便是说大军一日耗粮便将近八百石，马匹一日用豆量则近九百石。
眼下各处粮船、粮车正逐批运往朝鲜，朝鲜当地也在尽力筹措，但由于此时天寒地冻，仍难齐大军每日所需，故战事若拖延日久，恐怕于我不利。”
周咏称赞道：“吴阁老所言极是，大军粮草情况确是如此，吴阁老对军需粮草一事如此关心，实乃官兵之福。元辅，两军对战必时刻谋划周全，若一时不慎便可能会使全军溃败，而目前尚无战机，不可轻易出战。
眼下最新的战报是宋应昌及李如松已命杨元镇守平壤，防控大同江；李如柏镇宝山，查大受守临津，互为声援；祖承训镇守开城，兵分四路，稳固后方。好在粮草军需仅是押运稍慢，我也将再遣专人于各地沿路督导，同时联系了海贸同盟在海运事宜方面予以协助。”
王锡爵这次倒表示认可，道：“我赞同本兵之见，所谓将在外君命有所不受，具体如何行事还是交由宋应昌决断为好。当务之急应是军心稳定及军需供应，而后可再寻战机。若能尽早结束战事，班师回朝，天下安定，也好省下钱粮应对西南乱事。”看来在王锡爵眼里，也是内乱的优先级更高。
吴兑同样附和提议，道：“王阁老所言也是天下臣工、黎民百姓所盼。我看内阁也需给宋应昌回个信，明确告知其朝廷意图、内阁意见，从大局着眼，必须尽早歼灭倭寇，收复朝鲜全境。因此，若有战机，不得延误，如有所需则火速上报朝廷。”
申时行转而向蹇达询问：“倭寇狡诈，生性残忍，若不能击敌要害，必难速攻得胜。听闻倭寇所持鸟铳威力不弱，且倭军有半数持此火器，我军所长者则是火炮众多而骑兵更雄，我看扬长避短也能在战场之上减少伤亡，不知少司马有何见教？”
蹇达答道：“我军火器总体皆占优势，只是倭寇相对精于火枪，在火枪上与我差距略小而已。至于火炮及骑兵，则正如首辅所言，是我军大胜倭军，这也正是李如松出兵之时一举夺回四道之根由。”
周咏听罢则补充道：“蹇公所言不虚。首辅明鉴，我军此次不仅远近火器皆胜倭寇，且携带了大量旧式火器，可以发挥余热，这些火器虽然已显老旧，却适用于北兵突进作战，仍有可用之处，实在不行也可作为援助下发朝鲜军中应急。
另外关于南北之争，实则南北兵各有所长，此次选调皆是久经战阵磨砺之精锐，从战报来看，倭寇野战即便集中数倍兵力也万难胜我，因此只要据城坚守，相互支援，便至少可以确保战线稳固。此时我与倭寇皆在等待战机，同时也是等待开春转暖方便作战，此时首辅还是当以鼓舞宋应昌为佳。”
众人议定，申时行随后总结道：“两军对峙互为顾忌，正是等待良机以用奇计之时，粮道、帅营、疲兵、军械、或诱敌围歼或包抄突袭其震动全局之地，皆是破解对峙之法。我等远在千里之外，难知朝鲜瞬息之变，惟有寄希望于宋应昌能扼守险要，把握战机，打破僵局。
传信宋应昌，命他不可心急，当专心搜集军情寻找战机，争取一战大胜。同时也需严厉告诫李如松，让他严厉整顿军纪，不可欺侮朝人，不可滥杀俘虏。
至于其在我军之中，就更要一视同仁，万万不可霸凌南军，造成军心撕裂，不能同仇敌忾，以免为倭寇所乘，为藩邦所笑。”
这番话看来倒没有多少私货，吴兑、周咏等都表示赞成，于是内阁、兵部各自传信宋应昌，告知合议意见。申时行也上报皇帝，恭请宽心。
这次会议没有高务实参加，倒不是申时行故意为之，而是高务实近来忙于另一件大事，无暇与会——万历二十一年正值京察大计。由于大户部改革之后，户部审计署手里有很多经济审查数据需要向吏部通气以作为京察的重要指标，因此高务实这段时间很忙。
这次京察其实也有大事发生，不过详述过于复杂，简而言之就是赵南星等“道德实学”后起之秀见心学派“日渐式微”而起了“彼可取而代之”之心，对申时行、王锡爵等人的一些门生故吏下手痛击，结果引起了心学派的强烈反弹——我斗不过实学派也就罢了，你们这些小辈也敢太岁头上动土？
于是在申时行、王锡爵的示意下，刑科给事中刘道隆上疏弹劾吏部尚书陈于陛与吏部考功司郎中赵南星。随即王锡爵也借此良机上疏弹劾吏部、督察院中某些人专权结党。
朱翊钧在宫中看罢大笑，对身边人道：“看吧，这帮官员京察前斗，京察时斗，京察都要结束了还接着斗，不过他们想借着朕来斗，朕也想借着他们斗。”
司礼监首席秉笔张诚连声称赞：“皇爷洞若观火，朝廷大事了然于胸，只是奴婢不明白，这京察百官如此胡闹岂不会有失公允，阻碍皇爷治世。”
却不料皇帝忽然变色道：“张诚，你少在朕面前煽风点火，这是欺君！”
张诚急忙跪地请罪，朱翊钧冷冷地道：“朕对天下官吏了如指掌，选官任用自在朕心中。朕治罪者必有过，罢免者必无用，提拔者必有才，留任者必有功，还有一些人留下是为将来之离去。
阁部相争不过争一个权势，赵南星癸巳京察之中大义灭亲，公正之举令人称快，转眼间就以评议差等，奏请罢免阁臣举荐之人，其余不职之官朝野皆认，并无问题。
至于陈于陛，他并非此中主谋，但也在有意为打击申、王二人作掩护，结果欲盖弥彰罢了。朕早知此事申、王二位必不会坐视不理，果然这些奏折就来了。
原本吏部与督察院会同考察是为互相监督，现在却同心协力，难免不令人起疑结党营私，只是沈总宪此番如此配合吏部却有些奇怪，不知是不是承认了前些年疏远务实是其行差步错……且再看看，这几天就等着吧，这些奏疏天天都得来。”张诚领命。
结果次日吏部尚书陈于陛见内阁上疏，也再度上疏申辩，力保吏部考功司郎中赵南星所言并无过错，都是一心为公。
朱翊钧看罢冷哼道：“朕早说陈于陛此举不过是为人打掩护，现在看来果然如此！”
陈矩立刻跪请皇帝息怒，劝道：“皇爷，部堂庇护属官乃是常情。”
朱翊钧再次冷哼一声，道：“朕自然知道这‘常情’，不过就算赵南星找的那些理由都算正理，可是如今天下多事，朕岂能任他破坏内阁团结？
传朕旨意，吏部尚书陈于陛是非不明，包庇属官，罚俸三月；赵南星是已非人，抑扬太过，官降三级，另外立刻罢免虞淳熙、杨于庭，永不叙用。”陈矩、张诚领命。
之后申时行以内阁名义上疏为赵南星开脱，但实际上是给赵南星坐实“是己非人，抑扬太过”的劣评。
陈于陛知道皇帝的意思，也知道自己并无太大危险，于是上疏以辞职相威胁，宫中果然对此留中不批，陈于陛便再次上疏申辩，把戏做个全套。
同时，礼部尚书于慎行、工部尚书石星、督察院左都御史沈鲤、督察院左佥都御史王汝训、右通政魏允贞、大理寺少卿曾乾亨、礼部郎中孔兼、员外郎陈泰来、主事顾宪成、张纳陛、贾岩、助教薛敷教等也纷纷再为赵南星求情。
这些人其实分属不同派系，但这次偏偏都出来为赵南星说情，显然说法各不相同，也都各有不同的意指。
万历皇帝听着司礼监给他念着各人的奏疏，疏中时而便有内阁与各部互相指责之处，有些地方甚至含沙射影皇帝本人，不过朱翊钧经过高务实这么多年的影响，对这些说辞基本免疫，不动声色地听完，面色也没有太大变化。
陈矩、张诚皆不敢随意发表意见，只能等皇帝开口。朱翊钧略微沉默，忽然道：“这么多各级官员力保赵南星，如此看来主谋之人应当就是他了。此人朕倒也有些了解，清正刚直倒也不假，可惜志大才疏又心胸狭窄，不过狂愚之徒而已。既然他们肝胆相照，那朕就成全他们。
传旨，赵南星、虞淳熙、杨于庭、袁黄罢职为民；陈泰来降级外调听用；于慎行、石星、沈鲤、王汝训、魏允贞、曾乾亨罚俸三月；曾同亨、孔兼、顾宪成、张纳陛、贾岩、薛敷教等朋谋乱政，降三级外调离京。”司礼监领旨。
内阁首辅申时行得知众人上疏中有提及自己，也上疏请辞，但很快得朱翊钧手诏，其中说“朕因新春积火上升，两目疼痛，卿可即出，待朕火愈，诏卿面商国事。”
从这里皇帝的反应来看，似乎是对申时行无比信赖，依旧将国事委于内阁。申府管事拜道：“老爷深受圣上信赖，恭喜老爷渡过此关。”
申时行道：“老夫与皇上君臣相知，岂是陈于陛、沈鲤、赵南星、顾宪成等人可比？不过此事倒并非我手段如何高明，而是皇上心意如此，聪明人本就不会参与——你看高南宁便一言未发。不说这些了，快去备车，我需入阁议事。”管事受命，出门备车，送申时行往东华门而去。
内阁之中申、王二位谈及京察之事，王锡爵贺道：“此番阁部之争吏部完败，此后我等可尽心国事了。这陈于陛实在是顽固不化，通过此前吏部尚书可不避内阁座轿一事可以看出，以往天官为缓解阁部矛盾，总是预先嘱咐轿夫避开阁轿。
而陈于陛不知是不解其中奥妙还是故意为之，只遵循旧例，不避阁轿，对等相向，可见此人或是孤高而不知变通，或是故意争权立势，殊不知他背后的高求真如今也是阁臣，他这般做不仅得罪我等，同样也会让高求真不满，因此便有今日一败。”
申时行叹息道：“只是这次争得有些大了，皇上一下就处置了这么多官员，他们定会认为是内阁阁臣——尤其是我二人从中作梗，这才引皇上大怒降罪。将来，他们会把这些帐都算在你我头上，而阁部之争恐怕也永无止境，如此国事如何可为？”
王锡爵答道：“元辅勿忧，这也是迫不得已之事，我虽一直反对堵塞言路，不过时至今日倒也觉得言路不能过于猖獗。欲求天下大治，除君臣同心之外更需令行禁止，朝野一致。”
申时行思索着道：“我料此次大争之后尚有余波，尤其六部之中或许还有要职调整，你我皆需留意，以免错失机会，为人所乘。”
王锡爵赞道：“元辅此言极是，未雨绸缪理所应当。”顿了一顿，又问：“之前有件事不好明说，如今只元辅与锡爵二人在，却不得不问了——宋应昌与李如松此番表现都颇有差错，我等是不是能想个法子换掉他二人？”
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