崇祯十一年四月二日，叶尔羌汗派往布哈拉的使者带回了布哈拉汗伊玛目·库里的回信，布哈拉汗理所当然的拒绝了叶尔羌汗无礼的要求，并威胁要向叶尔羌汗清算和卓沙迪死亡的真相，布哈拉汗显然是在暗示，是叶尔羌汗杀害了和卓沙迪。
叶尔羌汗克雷奇实际上并无心同布哈拉汗国进行战争，即便他在国内清理了和卓沙迪的家族和黑山派的一部分上层教士，但黑山派在中下层民众中的影响力依旧很大。
如果不是喀什噶尔的一部分宗教人士支持他，加上马守应等军中将士的效忠及明国军队在叶尔羌汗国的驻扎，叶尔羌汗估计早就被黑山派赶下台了。
向布哈拉汗国提出交涉的目的，一是为了转移国内民众的视线；二便是为了应付明国的请求。克雷奇汗虽然不甚精明，却也知道明国并不希望叶尔羌汗国同布哈拉汗国之间的关系过于密切。
他本想借助这次交涉拖延一点时间，好让他有时间整合国内的力量。虽然东部可汗的势力已经被明军给收编了，但是叶尔羌汗国也四分五裂，阿克苏以北地区几乎已经不再受其控制。克雷奇汗依靠明国的力量打倒了自己的政治对手，但也并不想成为明国的傀儡。
然而布哈拉汗似乎完全没能理解他的苦衷，直接就将口舌战争上升到了武力威胁的层面，并打起了为和卓沙迪复仇的旗号。显然此时的克雷奇汗并不清楚，虽然一向提倡宽容的伊玛目·库里依然在位，但是和平了数十年的布哈拉汗国已经开始不满于自己的疆域面积了。
以汗位继承人纳狄尔·穆罕默德为首的布哈拉贵族们，一边对着北面的兄弟希瓦汗国虎视眈眈，一边也没忘记盯着西面的叶尔羌汗国。数十年的休养生息，不仅让布哈拉汗国人口获得了极大的繁衍，也令布哈拉的贵族们再无荒地可以开拓，他们要么互相侵吞，要么便是打出一片新的国土出来。
就布哈拉汗国周边的形势来说，应该是希瓦汗国最适合吞并。建立在花剌子模绿洲上的希瓦汗国和布哈拉汗国一样，自称是昔班尼的后裔，又信仰着同一种宗教，极适合统一为一个国家。且花剌子模位于阿姆河下游，不仅农业极为发达，也是通往波斯、奥斯曼、欧洲等地的重要路口。
但是现在叶尔羌汗自己凑上来给布哈拉汗国送来了战争的借口，那就不由纳狄尔·穆罕默德等人叫嚣战争了。年迈的布哈拉汗并无力阻止儿子和贵族们好战的情绪，加上叶尔羌汗国刚刚爆发了一场内战，布哈拉没有一个人认为叶尔羌汗国有实力抵挡他们的进攻，因此布哈拉汗对这场即将爆发的战争采取了默许的方式。
刚刚强势镇压了国内黑山派教士及反叛贵族的克雷奇汗自然不能对布哈拉汗示弱，也不可能承认他同和卓沙迪的死亡有关。于是克雷奇汗召集了众埃米尔对布哈拉汗的狼子野心进行了批判，并决定讨伐布哈拉，为叶尔羌汗国被暗杀的埃米尔们复仇。
在明国派出的顾问建议下，克雷奇汗借此机会将都城从叶尔羌搬迁到了喀什噶尔，名义上是为了更好的应对战争，事实上则是为了远离黑山派势力的大本营，清除叶尔羌宫廷中黑山派势力的影响。
到了这个时候，克雷奇汗自然也不会等待着布哈拉汗国的大军找上门来。不管是将那些不安分的埃米尔送出去，还是让明军无暇顾及自己，抢先向布哈拉汗国开战，显然是一个最好的选择。
更何况，喀什和布哈拉之间的费尔干纳谷地人口繁密，要是让布哈拉汗国将这里的人力和物力动员起来，叶尔羌汗国就会面临不利的局面。
于是同一干埃米尔商议之后，克雷奇汗征发了八千人的大军，任命了沙赫.巴兹伯克和马守应为正副统帅，命令他们从西面进入阿赖谷再向北越过阿赖山，进入到费尔干纳谷地东南部，夺取卡拉利贾河同塔尔河之间的乌兹根地区。
这里不仅是向西进入费尔干纳谷地的门户，同时也是一处农业和畜牧业都极为发达的地区，占据了这里，叶尔羌军也就不必再担心后勤有什么问题了。
克雷奇汗自然知道光凭自己的力量是难以击败布哈拉汗的，因此在定下了出兵计划之后，他也立刻向库尔勒的大明督军府进行了求援，希望大明能够支持他发动的这场战争。
五月中旬，樊一蘅接到了克雷奇汗的请求，他立刻召集了阿尔斯兰、孟乔芳、固始汗、伊卜喇伊木王子、伊斯玛依勒王子等人进行商议。
阿尔斯兰和固始汗倾向于立刻出兵，他们担忧叶尔羌军打不开局面，反而打草惊蛇了。而其他人则认为可以再等等看，如果叶尔羌军夺取了乌兹根，他们自然是要出兵的，被打开了门户的费尔干纳谷地，无疑是一只待宰的肥羊，大家都可以冲进去抢掠一把。可如果叶尔羌军失败了，那么倒不如以逸待劳，等布哈拉军翻越了群山，在喀什脚下围歼他更省力一些。
在仔细的观察了通往费尔干纳谷地的通道，及参谋官员的建议之后，樊一蘅在开了三天的会议之后，终于下了决心。
“…这几天里，本官已经听取了各位发表的宝贵意见，也对费尔干纳谷地的地理和人口、资源也有了一个初步的了解。
本官认为，先看一看叶尔羌军能否夺取乌兹根的战争，再决定下一步的军事部署，无疑是比较稳妥的方式…”
伊卜喇伊木王子、伊斯玛依勒王子等人顿时流露出了轻松的表情，他们显然并不愿意为了叶尔羌汗损失自己的实力。
但是没等他们轻松多久，樊一蘅却又说道：“…但是，从库尔勒到乌兹根往来约一千五、六百里，中间还有许多难行的山路。如果我们坐等在这里苦等，就算叶尔羌军拿下了乌兹根，也未必能够在布哈拉军反扑前及时赶到乌兹根。
毕竟距离乌兹根不到200里就是安集延，这可是布哈拉汗国在东方最大的一处军事重镇，也是丝绸之路上的贸易重镇。如果我们坐在这里等待，无疑就是将胜利的希望拱手相让。
在座的诸君大多生于西域，自然也清楚费尔干纳谷地的丰饶和安集延的富裕。所以我以大明督军的名义向你们承诺，此次出战各位打下多少土地，都归你们个人所有，大明绝不从你们手中取走一寸土地，当然丝绸之路经过的土地必须归属于大明…”
伊卜喇伊木王子、伊斯玛依勒王子等叶尔羌贵族终于对这场战争生起了兴趣，能够在费尔干纳谷地夺取一块土地，倒不失为自己留了一条后路。自从明军进驻南疆地区以来，这些贵族们的财产和特权都受到了极大的打击。限于明人的强悍武力，这些埃米尔们虽然不敢公开反对明人的统治，但也隐隐露出了不配合的态度。
不过樊一蘅今日的建议，倒是让他们生起了不少好感。伊卜喇伊木王子、伊斯玛依勒王子两人终于表态，愿意组建一只六千人的军队跟随在叶尔羌军身后，如果叶尔羌军拿下了乌兹根，他们就上前接应。如果叶尔羌军失败了，他们也会守住阿赖谷，给叶尔羌汗重整军备的时间。
樊一蘅随即又令阿尔斯兰带领七千人，走北面的克孜勒苏河谷，和吉尔吉斯汗克力奇·夏米尔罕诺夫汇合，翻过费尔干纳山进入费尔干纳山谷，夺取安集延东北百余里外的贾拉拉巴德地区。
虽然克力奇·夏米尔罕诺夫被大明册封为吉尔吉斯汗，但是大部分吉尔吉斯人并不认可他是自己的汗王，因此克力奇·夏米尔罕诺夫也迫切的希望用一场功绩来稳定自己的汗位，所以樊一蘅并不认为这位吉尔吉斯汗敢于拒绝自己的命令。
至于孟乔芳和固始汗则暂时在库尔勒、库车集结兵力，等待第一阶段的战事结果再做打算。伊卜喇伊木王子被任命为南路军统帅，而阿尔斯兰则被任命为北路军统帅。
参加会议的众人对于樊一蘅的安排都表示了赞成，只有固始汗在会后找上了樊一蘅，表示自己想要同阿尔斯兰的任务进行交换。
樊一蘅略一思索，便明白了固始汗的担忧，随即对他说道：“固始汗不必担心他们会抢占了费尔干纳山谷所有的土地，战争才刚刚开始，谁也不清楚布哈拉汗国的军队实力如何，何不让他们替你前去探一探路？
如果布哈拉军实力强横，等双方的力量消耗的差不多了，固始汗再带领着生力军前去，不是可以避免实力受损吗？如果布哈拉军实力微弱，一个费尔干纳山谷又算得了什么呢？到时整个布哈拉汗国都会在你的脚下。”
固始汗颇有些半信半疑，不过看着樊一蘅认真的样子，他心里也是有些兴奋了起来，于是便回道：“如果那样的话，我脚下的土地也是大明的领土，陛下的权威和荣光将永远照耀在和硕特部的土地之上…”
樊一蘅满意的对他点了点头说道：“汗王有这样的认识，大明自然是不会亏待你的。不过现在么，你还是先关注下卫拉特的事务，先协助车臣汗将卫拉特大汗的位置坐稳了…”
。